Η αρχαιολογική τεκμηρίωση αρχίζει στην Εποχή του Χαλκού
Ευρήματα από το Άνω και το Κάτω Κουφονήσι εντάσσουν τα νησιά στα δίκτυα της Πρωτοκυκλαδικής περιόδου. Ένα χαρακτηριστικό τηγανόσχημο αγγείο με εννεάκτινο αστέρι ανήκει στα αντικείμενα αυτής της τεκμηρίωσης.