Τα νησιά ανήκουν στο δίκτυο Natura 2000
Η δημοτική γεωγραφική τεκμηρίωση εντάσσει το Άνω και το Κάτω Κουφονήσι στο δίκτυο Natura 2000. Το χαμηλό πετρώδες τοπίο και οι παράκτιοι οικότοποι αποτελούν ουσία του προορισμού και όχι κενό ανάμεσα στις παραλίες.